Talouden taantuma ja teollisuuden rakennemuutos haastavat VR:n
Suomessa on perinteisesti ollut paljon raskasta perusteollisuutta, mikä suosii junakuljetuksia. Junaliikenteen osuus kaikesta Suomen tavaraliikenteestä oli vuonna 2008 noin 25 % eli enemmän kuin EU-maissa keskimäärin.
Rautateiden asemaa kuljetussektorilla on pidetty vankkana pitkien välimatkojen ja teollisuuden rakenteen takia. Talouden taantuman ja metsäteollisuuden nopean rakennemuutoksen seurauksena tavarakuljetukset ovat kuitenkin vähentyneet tuntuvasti syksystä 2008 alkaen. Myös muiden teollisuuden alojen tarpeet ovat muuttuneet. Esimerkiksi tavaraliikenteen kertakuljetuskoot ovat pienentyneet ja kuljetusmatkat lyhentyneet.
Myös Venäjälle suuntautuvat transitokuljetukset, kuten henkilöautojen vientikuljetukset, ovat vähentyneet talouden taantuman seurauksena. Talouden elpymisen jälkeen transitokuljetuksista odotetaan kasvumahdollisuuksia. Toisaalta Venäjän omien satamien kehittäminen voi pitkällä tähtäimellä vaikuttaa Suomen kuljetusmääriin.
Muutosohjelmalla vastataan haasteeseenVastatakseen muuttuneeseen markkinatilanteeseen VR käynnisti muutosohjelman elokuussa 2009. Tavoitteena on parantaa VR-konsernin tulosta vuositasolla noin 100 miljoonaa euroa muun muassa logistiikkatoimintoja tehostamalla.